Weryfikacja poprawności realizacji i rozliczenia projektu lub programu, dokonywana m.in. przez instytucje odpowiedzialne za wdrażanie i zarządzanie programami. System kontroli opiera się na podziale odpowiedzialności między Komisją Europejską a administracjami krajów członkowskich. Krajowe kontrole przeprowadza się na dwóch szczeblach: instytucji zarządzającej programem i instytucji audytowej. Władze zarządzające programami mają drobiazgowo kontrolować dokumenty takie jak: listy faktur, rachunki czy raporty o postępie realizacji projektu albo raporty końcowe. Przeprowadzają też wyrywkowe kontrole na miejscu, sprawdzając dokumenty i przeprowadzając wywiady z pracownikami zaangażowanymi w projekt finansowany z Funduszy Europejskich.