Komisja powoływana do oceny merytorycznej wniosku o finansowanie projektu. Ocena Komisji stanowić będzie podstawę do ułożenia listy rankingowej projektów i rekomendowanych do akceptacji dyrektorowi instytucji przyjmującej wnioski o dofinansowanie. W skład Komisji wchodzą przedstawiciele instytucji przyjmującej wnioski o dofinansowanie. Mogą w niej także uczestniczyć niezależni eksperci powołani w ramach pomocy technicznej programu.