Koszty, których poniesienie jest merytorycznie uzasadnione i które spełniają kryteria zasadności wyznaczone przez instytucję zarządzającą. Zasady kwalifikowalności wydatków, określane w odniesieniu do terminów ich ponoszenia, podmiotu, który je ponosi oraz kategorii wydatków związanych z realizacją projektu, zostały określone w załącznikach do uszczegółowień programów. O kwalifikowalności kosztów decydują kolejno przepisy unijne, przepisy zawarte w uszczegółowieniach programów oraz ewentualnie inne dodatkowe przepisy stanowione przez instytucję zarządzającą.